Ihr Violinstudium absolvierte Margret Baumgartl in Dresden bei Günter Friedrich und in München bei Urs Stiehler. Bereits seit dieser Zeit widmet sie sich der authentischen Aufführungspraxis auf historischem Instrumentarium und arbeitet zusammen u.a. mit René Jacobs, Frieder Bernius, Jos van Immerseel, Jaap ter Linden und Hans-Christoph Rademann. Seit 2004 ist Margret Baumgartl Konzertmeisterin des Dresdner Barockorchesters.
Ihr wichtigster Lehrer und Kammermusikpartner auf dem Gebiet der Alten Musik war Reinhard Goebel, mit dem sie von 2002 bis 2006 als Mitglied von Musica Antiqua Köln Konzerte in Europa, den USA und Kanada gab und einen Fernsehfilm über Bachs „Die Kunst der Fuge“ produzierte.
Anlässlich einer Produktion an der Staatsoper Stuttgart ist Margret Baumgartl Mitbegründerin des Barockensembles „Il Gusto Barocco“ Stuttgart.